gov.nih.nci.lexbig.ext
Class DLBWrapper

java.lang.Object
  extended by gov.nih.nci.lexbig.ext.DLBWrapper
Direct Known Subclasses:
DLBAdapter

public class DLBWrapper
extends java.lang.Object

DLBWrapper

Since:
DLBExt 1.0
Version:
1.0
Author:
Northrop Grumman Information Technology

Field Summary
static java.lang.String ASSOCIATION_RELATION
          A constant String with a value "associations"
protected  java.lang.String codingScheme
          active coding scheme name
 CodingSchemeRenderingList csrl
          an instance of CodingSchemeRenderingList
protected  CodingScheme defaultCodingScheme
           
 org.LexGrid.LexBIG.Utility.ConvenienceMethods lbConvMethods
          an instance of org.LexGrid.LexBIG.Utility.ConvenienceMethods
protected  org.LexGrid.LexBIG.LexBIGService.LexBIGService lbSvc
           
static int RESTRICT_TO_SOURCE
          A constant equaling 2.
static int RESTRICT_TO_TARGET
          A constant equaling 1.
static java.lang.String ROLE_RELATION
          A constant String with a value "roles"
static java.lang.String ROOT_ASSOCIATION
          A constant String with a value "owl:AnnotationProperty"
static java.lang.String ROOT_ROLE
          A constant String with a value "owl:ObjectProperty"
protected  java.util.Vector<CodingScheme> supportedCodingSchemes
          A vector containing the name of all supported coding schemes.
protected  java.lang.String tag
           
static java.lang.String TYPE_COMMENT
          A static String with a value "comment"
static java.lang.String TYPE_DEFINITION
          A static String with a value "definition"
static java.lang.String TYPE_INSTRUCTION
          A static String with a value "instruction"
static java.lang.String TYPE_PRESENTATION
          A static String with a value "presentation"
static java.lang.String TYPE_PROPERTY
          A static String with a value "property"
protected  java.lang.String version
           
 
Constructor Summary
DLBWrapper()
          Creates a new DLBWrapper instance from org.LexGrid.service.Service and LexBIGService parameters
DLBWrapper(EVSApplicationService lbSvc)
           
 
Method Summary
 java.lang.Boolean areAssociatedConcepts(java.lang.String codingScheme, java.lang.String code1, java.lang.String code2, boolean direction, java.lang.String associationName)
           
 java.lang.Boolean areAssociatedConcepts(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code1, java.lang.String code2, boolean direction, java.lang.String associationName)
           
 java.lang.Boolean areCodesRelated(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code1, java.lang.String code2, java.lang.String associationName)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> array2Vector(java.lang.String[] a)
           
protected  java.util.Vector arrayToVector(java.lang.Object[] objects)
          Converts an array of objects to a vector of objects
protected  LocalNameList atributeSetDescriptorIndex2LocalNameList(int ASD_Index)
           
 java.lang.Boolean codeExists(java.lang.String codingScheme, java.lang.String code)
           
 java.lang.String codeToName(java.lang.String codingScheme, java.lang.String code)
          Convert an NCI concept code to a concept name.
 java.lang.String codeToName(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String code)
           
 java.lang.String codeToName(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version_in, java.lang.String tag_in, java.lang.String code)
           
static java.util.Vector<Role> conceptAssociations2Roles(java.util.Vector<ConceptAssociation> asso)
           
 boolean conceptExists(java.lang.String codingScheme, java.lang.String code)
           
protected  java.lang.Boolean conceptExists(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, boolean activeOnly, java.lang.String code)
           
 java.util.Vector<Property> convertProperties(org.LexGrid.commonTypes.Property[] properties)
           
protected  CodedNodeSet createCodeNodeSet(java.lang.String[] conceptCodes, java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag)
           
 CodingSchemeVersionOrTag createCodingSchemeVersionOrTag(java.lang.String version, java.lang.String tag)
          Creates a CodingSchemeVersionOrTag instance for a given version and a tag
static ConceptReference createConceptReference(java.lang.String code, java.lang.String codingSchemeName)
          Creates a ConceptReference instance corresponding to a given coding scheme name and a concept code.
static ConceptReferenceList createConceptReferenceList(java.lang.String[] codes, java.lang.String codeSystem)
           
 NameAndValue createNameAndValue(java.lang.String name, java.lang.String value)
          Creates a NameAndValue instance for a given name and value pair.
protected  NameAndValueList createNameAndValueList(java.lang.String[] names, java.lang.String[] values)
           
static CodingSchemeVersionOrTag createProductionTag()
           
static SortOption createSortOption(java.lang.String sortExtensionName, java.lang.Boolean ascending)
           
static SortOptionList createSortOptionList(java.lang.String[] sortExtensionNames)
           
static SortOptionList createSortOptionList(java.lang.String[] sortExtensionNames, java.lang.Boolean[] ascending)
           
protected  java.lang.String dateToString(java.util.Date aDate)
           
 java.util.Vector findCodedEntriesWithAssociation(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String associationName, java.lang.String matchAlgorithm, int maxToReturn)
           
 java.util.Vector findCodedEntriesWithAssociationMatching(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String matchText, java.lang.String associationName, java.lang.String matchAlgorithm, int maxToReturn)
           
 java.util.Vector findCodedEntriesWithAssociationMatching(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String matchText, java.lang.String associationName, java.lang.String matchAlgorithm, int maxToReturn, int restriction_direction)
           
 java.util.Vector findCodedEntriesWithAssociationMatching(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String matchText, java.lang.String associationName, java.lang.String matchAlgorithm, int maxToReturn, int restriction_direction, java.util.Vector restricted_property_vec)
           
 java.util.Vector<CodedEntry> findCodedEntriesWithAssociationMatching(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String matchText, java.lang.String associationName, java.lang.String matchAlgorithm, int maxToReturn, int restriction_direction, java.util.Vector restricted_property_vec, java.lang.String relationName)
           
 java.util.Vector<CodedEntry> findCodedEntriesWithDesignationMatching(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String matchText, boolean preferredOnly, java.util.Vector sortByProperty_vec, java.util.Vector source_vec, java.lang.String matchAlgorithm, int maxToReturn)
           
 java.util.Vector<CodedEntry> findCodedEntriesWithPropertyMatching(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String matchText, java.util.Vector property_vec, java.util.Vector restrictToProperties_vec, java.lang.String matchAlgorithm, int maxToReturn)
           
 java.util.Vector<CodedEntry> findCodedEntriesWithPropertyMatching(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String matchText, java.util.Vector property_vec, java.util.Vector restrictToProperties_vec, java.lang.String matchAlgorithm, int maxToReturn, java.lang.String language)
           
 java.util.Vector<CodedEntry> findCodedEntriesWithSourceCodeMatching(java.lang.String codingScheme, java.lang.String sourceAbbr, java.lang.String code, int maxToReturn)
           
 java.util.Vector<CodedEntry> findCodedEntriesWithSourceCodeMatching(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String sourceAbbr, java.lang.String code, int maxToReturn)
           
protected  CodedEntry findCodedEntryWithNameMatching(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String name)
           
 java.lang.String findConceptNameByCode(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String code)
           
protected  java.lang.String findDescription(java.lang.String codingScheme, java.lang.String code)
          Returns the entity description for a given code, or the code if no description can be located.
 java.util.Vector<java.lang.String> findRelatedCodes(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code, java.lang.String relation, boolean direction)
           
 java.util.Vector getAllAssociatedConcepts(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String code, boolean direction)
           
protected  java.util.Vector<CodedEntry> getAllConcepts(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, boolean activeOnly, java.util.Vector sortproperties, java.util.Vector properties, int maxToReturn)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getAncestorCodeActionDates(java.lang.String codingScheme, java.lang.String inCode, java.util.Date iBaselineDate_in, java.util.Date fBaselineDate_in)
           
 java.util.Vector getAncestorCodes(java.lang.String codingScheme, java.lang.String inCode, boolean atBaseline, java.util.Date iBaselineDate_in, java.util.Date fBaselineDate_in)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getAncestorCodes(java.lang.String codingScheme, java.lang.String inCode, boolean atBaseline, java.util.Date iBaselineDate_in, java.util.Date fBaselineDate_in, boolean split_merge_only)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getAncestors(java.lang.String codingScheme, java.lang.String inCode)
           
 java.util.Vector<CodedEntry> getAssociatedCodedEntries(java.lang.String codingScheme, java.lang.String code, boolean direction, java.lang.String associationName)
           
 java.util.Vector<CodedEntry> getAssociatedCodedEntries(java.lang.String codingScheme, java.lang.String code, java.lang.String associationName)
           
 java.util.Vector<CodedEntry> getAssociatedCodedEntries(java.lang.String codingScheme, java.lang.String relationship, java.lang.String association, java.lang.String conceptCode, boolean direction, boolean buildReferencedEntries)
           
 java.util.Vector<CodedEntry> getAssociatedCodedEntries(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code, java.util.Vector properties, boolean direction, java.lang.String associationName)
           
 java.util.Vector<CodedEntry> getAssociatedCodedEntries(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code, java.util.Vector properties, boolean direction, java.lang.String associationName, int resolveAssociationDepth, int resolveCodedEntryDepth)
           
 java.util.Vector<CodedEntry> getAssociatedCodedEntriesBySource(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code, java.util.Vector properties, boolean direction, java.lang.String associationName, int resolveAssociationDepth, int resolveCodedEntryDepth, java.lang.String sourceAbbr)
           
 java.util.Vector getAssociatedConcepts(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code, java.lang.String relation)
           
 java.util.Vector<AssociatedConcept> getAssociatedConcepts(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code, java.lang.String relation, boolean direction)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getAssociationNames(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code, boolean direction)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getAssociationNamesByRelation(CodingScheme cs, java.lang.String relation)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getAssociationNamesByRelation(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String relationName)
           
 java.util.Vector<CodedEntry> getAssociationSources(java.lang.String codingScheme, java.lang.String code, java.lang.String associationName)
           
 java.util.Vector getAssociationSources(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code, java.util.Vector properties, java.lang.String associationName)
           
 java.util.Vector getAssociationTargets(java.lang.String codingScheme, java.lang.String code, java.lang.String associationName)
           
 java.util.Vector getAssociationTargets(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code, java.util.Vector properties, java.lang.String associationName)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getAvailableCodingSchemeTags(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getAvailableCodingSchemeVersions(java.lang.String codingSchemeName)
          Gets available coding scheme versions for a given CodingScheme
 int getChangeTypeNumber(java.lang.String s)
           
protected  int getChildCount(java.util.HashMap HashMap, java.lang.String code)
           
protected  Association[] getChildrenOf(java.lang.String conceptCode, java.lang.String relationship, java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, boolean buildReferencedEntries)
           
protected  int getCNGSize(CodedNodeGraph cng)
           
protected  int getCNSSize(CodedNodeSet cns)
           
 java.util.Vector getCodeActionChildren(java.lang.String codingScheme, java.lang.String inCode, java.util.Date baselineDate_in)
           
 java.util.Vector getCodeActionParents(java.lang.String codingScheme, java.lang.String inCode, java.util.Date baselineDate_in)
           
 CodedEntry getCodedEntry(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code)
           
 CodedEntry getCodedEntry(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code, int ASD_Index)
           
 CodedEntry getCodedEntryByCode(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code)
           
 CodedEntry getCodedEntryByName(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String name)
           
protected  java.util.Vector<java.lang.String> getCodedEntrySources(CodedEntry ce)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getCodesInCodedEntries(java.util.Vector w)
           
 CodingScheme getCodingScheme(java.lang.String codingScheme)
          Gets CodingScheme instance for a given coding scheme name.
 CodingScheme getCodingScheme(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version)
          Gets CodingScheme instance for a given coding scheme name and version.
 CodingScheme getCodingScheme(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag)
          Gets CodingScheme instance for given coding scheme name, version, and tag
 CodingSchemeSummary getCodingSchemeSummary(java.lang.String codingSchemeName)
           
 CodingSchemeSummary getCodingSchemeSummary(java.lang.String codingSchemeName, java.lang.String version)
           
protected  CodingSchemeVersion getCodingSchemeVersion(CodingScheme cs, java.lang.String version)
          Gets the instance of CodingSchemeVersion given an instance of CodingScheme and a version number.
 java.util.Vector<ConceptAssociation> getConceptAssociations(java.lang.String codingScheme, java.lang.String code)
           
 java.util.Vector<ConceptAssociation> getConceptAssociations(java.lang.String codingScheme, java.lang.String code, java.lang.String associationName)
           
 java.util.Vector<ConceptAssociation> getConceptAssociations(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code)
           
 java.util.Vector<ConceptAssociation> getConceptAssociations(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String conceptCode, boolean direction)
           
 java.util.Vector<ConceptAssociation> getConceptAssociations(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String conceptCode, boolean direction, boolean returncode)
           
 java.util.Vector<ConceptAssociation> getConceptAssociations(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String conceptCode, boolean direction, boolean returncode, boolean forTreeTraversal)
           
 java.util.Vector<ConceptAssociation> getConceptAssociations(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String conceptCode, boolean direction, boolean returncode, boolean forTreeTraversal, java.lang.String relation)
           
 java.util.Vector<ConceptAssociation> getConceptAssociations(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String conceptCode, boolean direction, java.lang.String relation)
           
 java.util.Vector<ConceptAssociation> getConceptAssociations(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code, java.lang.String associationName)
           
 java.util.Vector<CodingSchemeVersion> getConceptChangeVersions(java.lang.String codingScheme, java.lang.String code)
           
 CodingSchemeVersion getConceptCreateVersion(java.lang.String codingScheme, java.lang.String code)
           
 java.util.Date getConceptCreationDate(java.lang.String codingScheme, java.lang.String code)
           
 java.util.Vector<EditActionDate> getConceptEditAction(java.lang.String codingScheme, java.lang.String code)
           
 java.util.Vector<java.util.Date> getConceptEditActionDates(java.lang.String codingScheme, java.lang.String code, int iAction)
           
 java.util.Vector<NCIChangeEvent> getConceptHistory(java.lang.String codingScheme, java.lang.String code)
           
 java.util.Vector<NCIChangeEvent> getConceptHistory(java.lang.String codingScheme, java.lang.String code, CodingSchemeVersion csv)
           
 java.util.Vector<NCIChangeEvent> getConceptHistory(java.lang.String codingScheme, java.lang.String code, java.util.Date beginDate, java.util.Date endDate)
           
 java.lang.String getConceptName(java.lang.String codingScheme, CodedEntry ce)
           
 java.lang.String getConceptName(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String code)
           
protected  java.util.Vector<NameAndValue> getConceptProperties(CodedEntry ce)
           
 java.util.Vector<Property> getConceptProperties(java.lang.String codingScheme, java.lang.String code, java.lang.String propertytype, java.lang.String propertyname)
           
protected  java.util.Vector<CodedEntry> getConceptsByKind(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, boolean activeOnly, java.lang.String kind, int maxToReturn)
           
 java.lang.String getConceptStatus(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code)
           
 java.lang.String getCopyRight(CodingScheme cs)
          Gets copy right statement for a given CodingScheme
 java.util.Vector<java.lang.String> getDescendantCodeActionDates(java.lang.String codingScheme, java.lang.String inCode, java.util.Date iBaselineDate_in, java.util.Date fBaselineDate_in)
           
 java.util.Vector getDescendantCodes(java.lang.String codingScheme, java.lang.String inCode, boolean atBaseline, java.util.Date iBaselineDate_in, java.util.Date fBaselineDate_in)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getDescendantCodes(java.lang.String codingScheme, java.lang.String inCode, boolean atBaseline, java.util.Date iBaselineDate_in, java.util.Date fBaselineDate_in, boolean merge_split_only)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getDescendants(java.lang.String codingScheme, java.lang.String inCode)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getFilterExtensions()
           
 java.lang.String getHasSubtype(java.lang.String codingSchemeName)
           
 java.util.Vector<java.util.Date> getHistoryBaselineDates(java.lang.String codingScheme)
           
 java.util.Date getHistoryEndBaselineDate(java.lang.String codingScheme)
           
 java.util.Date getHistoryStartBaselineDate(java.lang.String codingScheme)
           
 java.util.Vector getInverseConceptAssociations(java.lang.String codingScheme, java.lang.String code)
           
 java.util.Vector<ConceptAssociation> getInverseConceptAssociations(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code)
           
 java.lang.String getInverseName(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String relationName, java.lang.String associationName)
           
 java.util.Vector getInverseRoles(java.lang.String codingScheme, java.lang.String code)
           
 java.util.Vector getInverseRoles(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code)
           
 Logger getLogger()
           
 java.lang.String getName(CodedEntry ce)
           
 java.lang.String getName(java.lang.String codingSchemeName, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code)
           
protected  java.lang.String getNativeRelationName(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version)
           
 java.lang.Integer getNumberEditActions(java.lang.String codingScheme, java.lang.String code, java.util.Date baselineDate_in)
           
 java.lang.Integer getNumberEditActions(java.lang.String codingScheme, java.lang.String code, java.util.Date beginDate, java.util.Date endDate)
           
protected  Association[] getParentsOf(java.lang.String conceptCode, java.lang.String relationship, java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, boolean buildReferencedEntries)
           
 java.lang.String getPreferredName(CodedEntry ce)
           
 java.util.Vector<Property> getProperties(CodedEntry ce)
           
 java.util.Vector getPropertiesByCode(java.lang.String codingSchemeName, java.lang.String versionName, java.lang.String code)
           
 java.util.Vector<Property> getPropertiesByConceptName(java.lang.String codingSchemeName, java.lang.String versionName, java.lang.String tagName, java.lang.String conceptname)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getPropertyNames(CodedEntry ce)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getPropertyNames(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String conceptname)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getPropertySources(org.LexGrid.commonTypes.Property prop)
          Gets property sources.
 java.util.Vector<java.lang.String> getPropertyValues(CodedEntry ce, java.lang.String propertyname)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getPropertyValues(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String conceptname, java.lang.String propertyname)
           
protected  CodedEntry getReferencedEntry(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, ResolvedConceptReference rcr)
           
protected  java.util.Vector<CodedEntry> getRelatedCodedEntries(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code, boolean direction, java.lang.String associationName)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getRelationNames(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version)
           
 java.util.HashSet<java.lang.String> getRelationTypesForConcept(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code)
           
 java.lang.String getRepresentsVersion(java.lang.String codingSchemeName)
           
 java.util.Vector<Role> getRoles(java.lang.String codingScheme, java.lang.String code)
           
 java.util.Vector<Role> getRoles(java.lang.String codingScheme, java.lang.String code, java.lang.String associationName)
           
 java.util.Vector<Role> getRoles(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code)
           
 java.util.Vector<Role> getRoles(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code, java.lang.String associationName)
           
 java.util.Vector getRootCodedEntries(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag)
           
 java.util.Vector<CodedEntry> getRootCodedEntries(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String relation, java.lang.String association)
           
 java.lang.String getSearchTechniqueDescription(java.lang.String name)
          Gets the description of search technique for a given codeing scheme name.
 java.lang.String getSemanticTypeCode(java.lang.String name)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getSemanticTypeCodes(java.util.Vector names)
           
 java.util.HashMap getSemanticTypes()
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getSourceCollectionbyCode(java.lang.String vocabularyName, java.lang.String code)
           
 java.util.Vector getSources(CodingScheme cs)
          Gets sources of a given CodingScheme.
protected  java.util.Vector<AssociatedConcept> getSources(java.lang.String scheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code, java.lang.String relation, java.lang.String source)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getSupportedAssociationNames(java.lang.String codingScheme)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getSupportedAssociationNames(java.lang.String codingSchemeName, java.lang.String version, java.lang.String type)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getSupportedAssociationQualifier(java.lang.String codingScheme)
           
 java.util.Vector<SupportedAssociation> getSupportedAssociations()
           
 java.util.Vector<SupportedAssociation> getSupportedAssociations(CodingScheme cs)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getSupportedCodingSchemeNames()
          Gets all supported coding scheme names
 java.util.Vector<CodingScheme> getSupportedCodingSchemes()
          Gets all supported coding schemes
 java.util.Vector<java.lang.String> getSupportedConceptStatus(java.lang.String codingScheme)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getSupportedConceptStatus(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag)
           
 java.util.Vector<SupportedContext> getSupportedContext(CodingScheme cs)
           
 java.util.Vector getSupportedContext(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag)
           
 int getSupportedContextCount(CodingScheme cs)
           
 int getSupportedContextCount(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag)
           
 java.util.Vector getSupportedContextNames(CodingScheme cs)
           
 java.util.Vector<SupportedProperty> getSupportedProperties(CodingScheme cs)
           
 java.util.Vector<SupportedProperty> getSupportedProperties(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getSupportedPropertyNames()
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getSupportedPropertyNames(CodingScheme cs)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getSupportedPropertyNames(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getSupportedPropertyQualifier(java.lang.String codingScheme)
           
 java.util.Vector getSupportedPropertyQualifiers(java.lang.String codingScheme)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getSupportedRepresentationalForms(CodingScheme cs)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getSupportedRepresentationalForms(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getSupportedRoleNames(java.lang.String codingSchemeName)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getSupportedRoleNames(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getSupportedSearchTechniques()
          Gets all supported search techniques
 java.util.Vector<SupportedSource> getSupportedSource(CodingScheme cs)
           
 java.util.Vector getSupportedSource(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getSupportedSourceNames(CodingScheme cs)
           
 java.util.Vector getSupportedSourceNames(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag)
           
 java.util.Vector<SupportedSource> getSupportedSources(CodingScheme cs)
           
protected  java.util.Set<java.lang.String> getTargetNames(ResolvedConceptReferenceList rcrl)
           
protected  java.util.Vector<AssociatedConcept> getTargets(java.lang.String scheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code, java.lang.String relation, java.lang.String source)
           
protected  CodedNodeGraph getTreeFromServer(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code, java.lang.String relationName, java.util.Vector properties, java.util.Vector sourcecodes, java.util.Vector associations, boolean direction, int depth)
          Concepts tree data from the server.
 java.util.Date getVersionDate(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version)
           
 java.util.Vector<java.lang.String> getVersions(CodingScheme cs)
          Gets versions of a given CodingScheme.
 java.lang.String getVocabularyVersionByTag(java.lang.String codingScheme, java.lang.String tag)
           
 java.lang.Boolean hasAssociatedCodedEntries(java.lang.String codingScheme, java.lang.String relationship, java.lang.String association, java.lang.String conceptCode, boolean direction)
           
 java.lang.Boolean hasAssociatedConcepts(java.lang.String codingScheme, java.lang.String code, boolean direction, java.lang.String associationName)
           
 java.lang.Boolean hasAssociatedConcepts(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code, java.util.Vector properties, boolean direction, java.lang.String associationName)
           
protected  java.util.Vector<java.lang.String> hashSet2Vector(java.util.HashSet hset)
          Converts a HashSet to a Vector
protected  boolean hasProperty(java.lang.String codingScheme, java.lang.String property)
           
 boolean hasRelation(java.lang.String codingSchemeName, java.lang.String relationName)
           
 boolean hasRelation(java.lang.String codingSchemeName, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String relationName)
           
protected  java.lang.String iActiontoStr(int actionId)
          Extracts an edit action string (for example, 'CREATE') from a edit action constance string (form example, 'EDIT_ACTION_CREATE_STR') corresponding to the specified edit action code.
 boolean initializeSemanticTypes()
           
 java.lang.Boolean isCodeInGraph(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code)
           
protected  java.lang.Boolean isCodeInGraph(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String associationName, java.lang.String associationQualiferName, java.lang.String code)
           
 java.lang.Boolean isCodeRetired(java.lang.String codingSchemeName, java.lang.String code)
           
 java.lang.Boolean isCodingSchemeActive(LexBIGService lbSvc, java.lang.String scheme, java.lang.String version)
           
 java.lang.Boolean isConceptActive(java.lang.String codingScheme, java.lang.String code)
           
 java.lang.Boolean isConceptActive(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code)
           
 java.lang.Boolean isConceptEdited(java.lang.String codingScheme, java.lang.String code, boolean mrg_splt, java.util.Date beginDate, java.util.Date endDate)
           
 java.lang.Boolean isForwardName(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String directionalName)
           
 java.lang.Boolean isReverseName(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String directionalName)
           
protected  boolean isRole(java.lang.String codingScheme, java.lang.String associationName)
           
 boolean isValidHistoryDate(java.lang.String codingScheme, java.util.Date historydate)
           
 java.lang.Boolean isVersionComplete(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version)
           
 java.util.HashSet<java.lang.String> LocalNameList2HashSet(LocalNameList list)
          Converts a LocalNameList instance to a HashSet
protected  java.util.Vector<java.lang.String> mapSynonymsToPreferredNames(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String matchText, boolean preferredOnly, java.util.Vector sortByProperty_vec, int maxToReturn, java.lang.String matchAlgorithm)
           
 java.lang.String nameToCode(java.lang.String codingScheme, java.lang.String name)
          Return the concept code that corresponds to the passed NC_Name
 java.lang.String nameToCode(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version_in, java.lang.String tag_in, java.lang.String name)
           
protected  ResolvedConceptReference resolveConceptReference(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code)
           
protected  ResolvedConceptReference resolveConceptReference(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code, java.util.Vector properties, int resolveAssociationDepth, int resolveCodedEntryDepth)
           
protected  ResolvedConceptReference resolveConceptReference(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code, java.util.Vector properties, int resolveAssociationDepth, int resolveCodedEntryDepth, boolean direction)
           
protected  ResolvedConceptReference resolveConceptReference(java.lang.String codingScheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String code, java.util.Vector properties, int resolveAssociationDepth, int resolveCodedEntryDepth, boolean direction, java.lang.String relation)
           
protected  CodedNodeSet restrictToSource(CodedNodeSet cns, java.lang.String source)
           
 java.util.Vector<CodedEntry> searchCodedEntries(java.lang.String scheme, java.lang.String version, java.lang.String tag, java.lang.String searchTerm, int limit, java.lang.String source, boolean cui, boolean shortResult, boolean score)
           
 int toActionIndex(java.lang.String action)
           
 LocalNameList vector2LocalNameList(java.util.Vector v)
          Converts a LocalNameList instance to a Vector
 
Methods inherited from class java.lang.Object
clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait
 

Field Detail

lbSvc

protected org.LexGrid.LexBIG.LexBIGService.LexBIGService lbSvc

lbConvMethods

public org.LexGrid.LexBIG.Utility.ConvenienceMethods lbConvMethods
an instance of org.LexGrid.LexBIG.Utility.ConvenienceMethods


csrl

public CodingSchemeRenderingList csrl
an instance of CodingSchemeRenderingList


supportedCodingSchemes

protected java.util.Vector<CodingScheme> supportedCodingSchemes
A vector containing the name of all supported coding schemes.


RESTRICT_TO_TARGET

public static final int RESTRICT_TO_TARGET
A constant equaling 1.

See Also:
Constant Field Values

RESTRICT_TO_SOURCE

public static final int RESTRICT_TO_SOURCE
A constant equaling 2.

See Also:
Constant Field Values

ROOT_ASSOCIATION

public static java.lang.String ROOT_ASSOCIATION
A constant String with a value "owl:AnnotationProperty"


ROOT_ROLE

public static java.lang.String ROOT_ROLE
A constant String with a value "owl:ObjectProperty"


ASSOCIATION_RELATION

public static java.lang.String ASSOCIATION_RELATION
A constant String with a value "associations"


ROLE_RELATION

public static java.lang.String ROLE_RELATION
A constant String with a value "roles"


TYPE_DEFINITION

public static java.lang.String TYPE_DEFINITION
A static String with a value "definition"


TYPE_COMMENT

public static java.lang.String TYPE_COMMENT
A static String with a value "comment"


TYPE_PROPERTY

public static java.lang.String TYPE_PROPERTY
A static String with a value "property"


TYPE_INSTRUCTION

public static java.lang.String TYPE_INSTRUCTION
A static String with a value "instruction"


TYPE_PRESENTATION

public static java.lang.String TYPE_PRESENTATION
A static String with a value "presentation"


version

protected java.lang.String version

tag

protected java.lang.String tag

codingScheme

protected java.lang.String codingScheme
active coding scheme name


defaultCodingScheme

protected CodingScheme defaultCodingScheme
Constructor Detail

DLBWrapper

public DLBWrapper()
Creates a new DLBWrapper instance from org.LexGrid.service.Service and LexBIGService parameters

Since:
DLBExt 1.0

DLBWrapper

public DLBWrapper(EVSApplicationService lbSvc)
Method Detail

getLogger

public Logger getLogger()

arrayToVector

protected java.util.Vector arrayToVector(java.lang.Object[] objects)
Converts an array of objects to a vector of objects

Parameters:
objects - an array of objects
Returns:
a vector of objects; return null, if connection fails or an exception is thrown
Since:
DLBExt 1.0

hashSet2Vector

protected java.util.Vector<java.lang.String> hashSet2Vector(java.util.HashSet hset)
Converts a HashSet to a Vector

Parameters:
hset - a HashSet instance
Returns:
a Vector instance

vector2LocalNameList

public LocalNameList vector2LocalNameList(java.util.Vector v)
Converts a LocalNameList instance to a Vector

Parameters:
v - a Vector
Returns:
a LocalNameList
Since:
DLBExt 1.0

LocalNameList2HashSet

public java.util.HashSet<java.lang.String> LocalNameList2HashSet(LocalNameList list)
Converts a LocalNameList instance to a HashSet

Parameters:
list - an instance of LocalNameList
Returns:
a LocalNameList
Since:
DLBExt 1.0

createConceptReference

public static ConceptReference createConceptReference(java.lang.String code,
                                                      java.lang.String codingSchemeName)
Creates a ConceptReference instance corresponding to a given coding scheme name and a concept code.

Parameters:
codingSchemeName - a coding scheme name
code - a concept code
Returns:
a ConceptReference instance corresponding to a given coding scheme name and a concept code.
Since:
DLBExt 1.0

createCodingSchemeVersionOrTag

public CodingSchemeVersionOrTag createCodingSchemeVersionOrTag(java.lang.String version,
                                                               java.lang.String tag)
Creates a CodingSchemeVersionOrTag instance for a given version and a tag

Parameters:
version - coding scheme version
tag - coding scheme tag
Returns:
a CodingSchemeVersionOrTag instance for a given version and a tag
Since:
DLBExt 1.0

createNameAndValue

public NameAndValue createNameAndValue(java.lang.String name,
                                       java.lang.String value)
Creates a NameAndValue instance for a given name and value pair.

Parameters:
name - a name
value - a value
Returns:
a NameAndValue instance for a given name and value pair
Since:
DLBExt 1.0

getSupportedCodingSchemes

public java.util.Vector<CodingScheme> getSupportedCodingSchemes()
Gets all supported coding schemes

Returns:
a Vector containing all supported CodingScheme instances
Since:
DLBExt 1.0

getSupportedCodingSchemeNames

public java.util.Vector<java.lang.String> getSupportedCodingSchemeNames()
Gets all supported coding scheme names

Returns:
a Vector containing all supported coding scheme names
Since:
DLBExt 1.0

getCodingScheme

public CodingScheme getCodingScheme(java.lang.String codingScheme)
Gets CodingScheme instance for a given coding scheme name.

Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
Returns:
a CodingScheme instance for a given coding scheme name
Since:
DLBExt 1.0

getCodingScheme

public CodingScheme getCodingScheme(java.lang.String codingScheme,
                                    java.lang.String version)
Gets CodingScheme instance for a given coding scheme name and version.

Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
Returns:
a CodingScheme instance for a given coding scheme name and version.
Since:
DLBExt 1.0

getCodingScheme

public CodingScheme getCodingScheme(java.lang.String codingScheme,
                                    java.lang.String version,
                                    java.lang.String tag)
Gets CodingScheme instance for given coding scheme name, version, and tag

Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
tag - a coding scheme tag
Returns:
a CodingScheme instance for given coding scheme name, version, and tag
Since:
DLBExt 1.0

getSupportedSearchTechniques

public java.util.Vector<java.lang.String> getSupportedSearchTechniques()
Gets all supported search techniques

Returns:
a Vector containing all supported search techniques
Since:
DLBExt 1.0

getSearchTechniqueDescription

public java.lang.String getSearchTechniqueDescription(java.lang.String name)
Gets the description of search technique for a given codeing scheme name.

Parameters:
name - search technique name
Returns:
the description of search technique for a given codeing scheme name
Since:
DLBExt 1.0

getAvailableCodingSchemeVersions

public java.util.Vector<java.lang.String> getAvailableCodingSchemeVersions(java.lang.String codingSchemeName)
Gets available coding scheme versions for a given CodingScheme

Parameters:
codingSchemeName -
Returns:
a Vector containing all available coding scheme versions for a given CodingScheme
Since:
DLBExt 1.0

getCopyRight

public java.lang.String getCopyRight(CodingScheme cs)
Gets copy right statement for a given CodingScheme

Parameters:
cs - an instance of CodingScheme
Returns:
copy right statement for a given CodingScheme
Since:
DLBExt 1.0

getSources

public java.util.Vector getSources(CodingScheme cs)
Gets sources of a given CodingScheme.

Parameters:
cs - an instance of CodingScheme
Returns:
a Vector containing sources of a given CodingScheme
Since:
DLBExt 1.0

getVersions

public java.util.Vector<java.lang.String> getVersions(CodingScheme cs)
Gets versions of a given CodingScheme.

Parameters:
cs - an instance of CodingScheme
Returns:
versions of a given CodingScheme
Since:
DLBExt 1.0

getCodingSchemeVersion

protected CodingSchemeVersion getCodingSchemeVersion(CodingScheme cs,
                                                     java.lang.String version)
Gets the instance of CodingSchemeVersion given an instance of CodingScheme and a version number.

Parameters:
cs - an instance of CodingScheme
version - a coding scheme version
Returns:
the instance of CodingSchemeVersion given an instance of CodingScheme and a version number
Since:
DLBExt 1.0

getVersionDate

public java.util.Date getVersionDate(java.lang.String codingScheme,
                                     java.lang.String version)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
Since:
DLBExt 1.0

isVersionComplete

public java.lang.Boolean isVersionComplete(java.lang.String codingScheme,
                                           java.lang.String version)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
Since:
DLBExt 1.0

getAvailableCodingSchemeTags

public java.util.Vector<java.lang.String> getAvailableCodingSchemeTags(java.lang.String codingScheme,
                                                                       java.lang.String version)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
Since:
DLBExt 1.0

getVocabularyVersionByTag

public java.lang.String getVocabularyVersionByTag(java.lang.String codingScheme,
                                                  java.lang.String tag)

getSupportedProperties

public java.util.Vector<SupportedProperty> getSupportedProperties(CodingScheme cs)
Parameters:
cs -
Since:
DLBExt 1.0

getSupportedSources

public java.util.Vector<SupportedSource> getSupportedSources(CodingScheme cs)

getSupportedProperties

public java.util.Vector<SupportedProperty> getSupportedProperties(java.lang.String codingScheme,
                                                                  java.lang.String version,
                                                                  java.lang.String tag)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
tag -
Since:
DLBExt 1.0

getSupportedPropertyNames

public java.util.Vector<java.lang.String> getSupportedPropertyNames(CodingScheme cs)
Parameters:
cs -
Since:
DLBExt 1.0

getSupportedPropertyNames

public java.util.Vector<java.lang.String> getSupportedPropertyNames()
Since:
DLBExt 1.0

getSupportedPropertyNames

public java.util.Vector<java.lang.String> getSupportedPropertyNames(java.lang.String codingScheme,
                                                                    java.lang.String version,
                                                                    java.lang.String tag)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
tag -
Since:
DLBExt 1.0

getSupportedRepresentationalForms

public java.util.Vector<java.lang.String> getSupportedRepresentationalForms(CodingScheme cs)
Parameters:
cs -
Since:
DLBExt 1.0

getSupportedRepresentationalForms

public java.util.Vector<java.lang.String> getSupportedRepresentationalForms(java.lang.String codingScheme,
                                                                            java.lang.String version,
                                                                            java.lang.String tag)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
tag -
Since:
DLBExt 1.0

getSupportedConceptStatus

public java.util.Vector<java.lang.String> getSupportedConceptStatus(java.lang.String codingScheme)
Parameters:
codingScheme -
Since:
DLBExt 1.0

getSupportedConceptStatus

public java.util.Vector<java.lang.String> getSupportedConceptStatus(java.lang.String codingScheme,
                                                                    java.lang.String version,
                                                                    java.lang.String tag)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
tag -
Since:
DLBExt 1.0

resolveConceptReference

protected ResolvedConceptReference resolveConceptReference(java.lang.String codingScheme,
                                                           java.lang.String version,
                                                           java.lang.String tag,
                                                           java.lang.String code)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
tag -
code -
Since:
DLBExt 1.0

resolveConceptReference

protected ResolvedConceptReference resolveConceptReference(java.lang.String codingScheme,
                                                           java.lang.String version,
                                                           java.lang.String tag,
                                                           java.lang.String code,
                                                           java.util.Vector properties,
                                                           int resolveAssociationDepth,
                                                           int resolveCodedEntryDepth)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
tag -
code -
properties -
resolveAssociationDepth -
resolveCodedEntryDepth -
Since:
DLBExt 1.0

resolveConceptReference

protected ResolvedConceptReference resolveConceptReference(java.lang.String codingScheme,
                                                           java.lang.String version,
                                                           java.lang.String tag,
                                                           java.lang.String code,
                                                           java.util.Vector properties,
                                                           int resolveAssociationDepth,
                                                           int resolveCodedEntryDepth,
                                                           boolean direction)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
tag -
code -
properties -
resolveAssociationDepth -
resolveCodedEntryDepth -
direction -
Since:
DLBExt 1.0

resolveConceptReference

protected ResolvedConceptReference resolveConceptReference(java.lang.String codingScheme,
                                                           java.lang.String version,
                                                           java.lang.String tag,
                                                           java.lang.String code,
                                                           java.util.Vector properties,
                                                           int resolveAssociationDepth,
                                                           int resolveCodedEntryDepth,
                                                           boolean direction,
                                                           java.lang.String relation)

conceptExists

public boolean conceptExists(java.lang.String codingScheme,
                             java.lang.String code)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
code -
Since:
DLBExt 1.0

conceptExists

protected java.lang.Boolean conceptExists(java.lang.String codingScheme,
                                          java.lang.String version,
                                          java.lang.String tag,
                                          boolean activeOnly,
                                          java.lang.String code)

createNameAndValueList

protected NameAndValueList createNameAndValueList(java.lang.String[] names,
                                                  java.lang.String[] values)

isCodeInGraph

protected java.lang.Boolean isCodeInGraph(java.lang.String codingScheme,
                                          java.lang.String version,
                                          java.lang.String tag,
                                          java.lang.String associationName,
                                          java.lang.String associationQualiferName,
                                          java.lang.String code)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
tag -
associationName -
associationQualiferName -
code -
Since:
DLBExt 1.0

getAllConcepts

protected java.util.Vector<CodedEntry> getAllConcepts(java.lang.String codingScheme,
                                                      java.lang.String version,
                                                      java.lang.String tag,
                                                      boolean activeOnly,
                                                      java.util.Vector sortproperties,
                                                      java.util.Vector properties,
                                                      int maxToReturn)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
tag -
activeOnly -
sortproperties -
properties -
maxToReturn -
Since:
DLBExt 1.0

getConceptProperties

protected java.util.Vector<NameAndValue> getConceptProperties(CodedEntry ce)
Parameters:
ce -
Since:
DLBExt 1.0

findCodedEntryWithNameMatching

protected CodedEntry findCodedEntryWithNameMatching(java.lang.String codingScheme,
                                                    java.lang.String version,
                                                    java.lang.String name)

mapSynonymsToPreferredNames

protected java.util.Vector<java.lang.String> mapSynonymsToPreferredNames(java.lang.String codingScheme,
                                                                         java.lang.String version,
                                                                         java.lang.String matchText,
                                                                         boolean preferredOnly,
                                                                         java.util.Vector sortByProperty_vec,
                                                                         int maxToReturn,
                                                                         java.lang.String matchAlgorithm)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
matchText -
preferredOnly -
sortByProperty_vec -
maxToReturn -
matchAlgorithm -
Since:
DLBExt 1.0

getConceptStatus

public java.lang.String getConceptStatus(java.lang.String codingScheme,
                                         java.lang.String version,
                                         java.lang.String tag,
                                         java.lang.String code)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
tag -
code -
Since:
DLBExt 1.0

isConceptActive

public java.lang.Boolean isConceptActive(java.lang.String codingScheme,
                                         java.lang.String code)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
code -
Since:
DLBExt 1.0

isConceptActive

public java.lang.Boolean isConceptActive(java.lang.String codingScheme,
                                         java.lang.String version,
                                         java.lang.String tag,
                                         java.lang.String code)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
tag -
code -
Since:
DLBExt 1.0

isCodeRetired

public java.lang.Boolean isCodeRetired(java.lang.String codingSchemeName,
                                       java.lang.String code)

getConceptsByKind

protected java.util.Vector<CodedEntry> getConceptsByKind(java.lang.String codingScheme,
                                                         java.lang.String version,
                                                         java.lang.String tag,
                                                         boolean activeOnly,
                                                         java.lang.String kind,
                                                         int maxToReturn)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
tag -
activeOnly -
kind -
maxToReturn -
Since:
DLBExt 1.0

getRelationNames

public java.util.Vector<java.lang.String> getRelationNames(java.lang.String codingScheme,
                                                           java.lang.String version)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
Since:
DLBExt 1.0

getInverseName

public java.lang.String getInverseName(java.lang.String codingScheme,
                                       java.lang.String version,
                                       java.lang.String relationName,
                                       java.lang.String associationName)

getAssociationNamesByRelation

public java.util.Vector<java.lang.String> getAssociationNamesByRelation(java.lang.String codingScheme,
                                                                        java.lang.String version,
                                                                        java.lang.String relationName)

hasRelation

public boolean hasRelation(java.lang.String codingSchemeName,
                           java.lang.String relationName)

hasRelation

public boolean hasRelation(java.lang.String codingSchemeName,
                           java.lang.String version,
                           java.lang.String tag,
                           java.lang.String relationName)

getAssociationNamesByRelation

public java.util.Vector<java.lang.String> getAssociationNamesByRelation(CodingScheme cs,
                                                                        java.lang.String relation)

getNativeRelationName

protected java.lang.String getNativeRelationName(java.lang.String codingScheme,
                                                 java.lang.String version)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
Since:
DLBExt 1.0

hasAssociatedConcepts

public java.lang.Boolean hasAssociatedConcepts(java.lang.String codingScheme,
                                               java.lang.String code,
                                               boolean direction,
                                               java.lang.String associationName)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
code -
direction -
associationName -
Since:
DLBExt 1.0

getAssociationSources

public java.util.Vector<CodedEntry> getAssociationSources(java.lang.String codingScheme,
                                                          java.lang.String code,
                                                          java.lang.String associationName)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
code -
associationName -
Since:
DLBExt 1.0

getAssociationSources

public java.util.Vector getAssociationSources(java.lang.String codingScheme,
                                              java.lang.String version,
                                              java.lang.String tag,
                                              java.lang.String code,
                                              java.util.Vector properties,
                                              java.lang.String associationName)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
tag -
code -
properties -
associationName -
Since:
DLBExt 1.0

getAssociationTargets

public java.util.Vector getAssociationTargets(java.lang.String codingScheme,
                                              java.lang.String code,
                                              java.lang.String associationName)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
code -
associationName -
Since:
DLBExt 1.0

getAssociationTargets

public java.util.Vector getAssociationTargets(java.lang.String codingScheme,
                                              java.lang.String version,
                                              java.lang.String tag,
                                              java.lang.String code,
                                              java.util.Vector properties,
                                              java.lang.String associationName)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
tag -
code -
properties -
associationName -
Since:
DLBExt 1.0

getAssociatedCodedEntries

public java.util.Vector<CodedEntry> getAssociatedCodedEntries(java.lang.String codingScheme,
                                                              java.lang.String code,
                                                              java.lang.String associationName)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
code -
associationName -
Since:
DLBExt 1.0

getAssociatedCodedEntries

public java.util.Vector<CodedEntry> getAssociatedCodedEntries(java.lang.String codingScheme,
                                                              java.lang.String code,
                                                              boolean direction,
                                                              java.lang.String associationName)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
code -
direction -
associationName -
Since:
DLBExt 1.0

getAssociatedCodedEntries

public java.util.Vector<CodedEntry> getAssociatedCodedEntries(java.lang.String codingScheme,
                                                              java.lang.String version,
                                                              java.lang.String tag,
                                                              java.lang.String code,
                                                              java.util.Vector properties,
                                                              boolean direction,
                                                              java.lang.String associationName)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
tag -
code -
properties -
direction -
associationName -
Since:
DLBExt 1.0

getAssociatedConcepts

public java.util.Vector getAssociatedConcepts(java.lang.String codingScheme,
                                              java.lang.String version,
                                              java.lang.String tag,
                                              java.lang.String code,
                                              java.lang.String relation)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
code -
relation -
Since:
DLBExt 1.0

getAssociatedConcepts

public java.util.Vector<AssociatedConcept> getAssociatedConcepts(java.lang.String codingScheme,
                                                                 java.lang.String version,
                                                                 java.lang.String tag,
                                                                 java.lang.String code,
                                                                 java.lang.String relation,
                                                                 boolean direction)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
code -
relation -
direction -
Since:
DLBExt 1.0

getAssociationNames

public java.util.Vector<java.lang.String> getAssociationNames(java.lang.String codingScheme,
                                                              java.lang.String version,
                                                              java.lang.String tag,
                                                              java.lang.String code,
                                                              boolean direction)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
code -
direction -
Since:
DLBExt 1.0

hasAssociatedConcepts

public java.lang.Boolean hasAssociatedConcepts(java.lang.String codingScheme,
                                               java.lang.String version,
                                               java.lang.String tag,
                                               java.lang.String code,
                                               java.util.Vector properties,
                                               boolean direction,
                                               java.lang.String associationName)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
tag -
code -
properties -
direction -
associationName -
Since:
DLBExt 1.0

areAssociatedConcepts

public java.lang.Boolean areAssociatedConcepts(java.lang.String codingScheme,
                                               java.lang.String code1,
                                               java.lang.String code2,
                                               boolean direction,
                                               java.lang.String associationName)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
code1 -
code2 -
direction -
associationName -
Since:
DLBExt 1.0

areAssociatedConcepts

public java.lang.Boolean areAssociatedConcepts(java.lang.String codingScheme,
                                               java.lang.String version,
                                               java.lang.String tag,
                                               java.lang.String code1,
                                               java.lang.String code2,
                                               boolean direction,
                                               java.lang.String associationName)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
tag -
code1 -
code2 -
direction -
associationName -
Since:
DLBExt 1.0

isCodeInGraph

public java.lang.Boolean isCodeInGraph(java.lang.String codingScheme,
                                       java.lang.String version,
                                       java.lang.String tag,
                                       java.lang.String code)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
tag -
code -
Since:
DLBExt 1.0

areCodesRelated

public java.lang.Boolean areCodesRelated(java.lang.String codingScheme,
                                         java.lang.String version,
                                         java.lang.String tag,
                                         java.lang.String code1,
                                         java.lang.String code2,
                                         java.lang.String associationName)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
tag -
code1 -
code2 -
associationName -
Since:
DLBExt 1.0

getRelatedCodedEntries

protected java.util.Vector<CodedEntry> getRelatedCodedEntries(java.lang.String codingScheme,
                                                              java.lang.String version,
                                                              java.lang.String tag,
                                                              java.lang.String code,
                                                              boolean direction,
                                                              java.lang.String associationName)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
tag -
code -
direction -
associationName -
Since:
DLBExt 1.0

getCodesInCodedEntries

public java.util.Vector<java.lang.String> getCodesInCodedEntries(java.util.Vector w)
Parameters:
w -
Since:
DLBExt 1.0

isRole

protected boolean isRole(java.lang.String codingScheme,
                         java.lang.String associationName)

conceptAssociations2Roles

public static java.util.Vector<Role> conceptAssociations2Roles(java.util.Vector<ConceptAssociation> asso)
Parameters:
asso - a ConceptAssociation

getRoles

public java.util.Vector<Role> getRoles(java.lang.String codingScheme,
                                       java.lang.String code)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
code -
Since:
DLBExt 1.0

getConceptAssociations

public java.util.Vector<ConceptAssociation> getConceptAssociations(java.lang.String codingScheme,
                                                                   java.lang.String code)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
code -
Since:
DLBExt 1.0

getRoles

public java.util.Vector<Role> getRoles(java.lang.String codingScheme,
                                       java.lang.String code,
                                       java.lang.String associationName)

getConceptAssociations

public java.util.Vector<ConceptAssociation> getConceptAssociations(java.lang.String codingScheme,
                                                                   java.lang.String code,
                                                                   java.lang.String associationName)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
code -
associationName -
Since:
DLBExt 1.0

getRoles

public java.util.Vector<Role> getRoles(java.lang.String codingScheme,
                                       java.lang.String version,
                                       java.lang.String tag,
                                       java.lang.String code,
                                       java.lang.String associationName)

getConceptAssociations

public java.util.Vector<ConceptAssociation> getConceptAssociations(java.lang.String codingScheme,
                                                                   java.lang.String version,
                                                                   java.lang.String tag,
                                                                   java.lang.String code,
                                                                   java.lang.String associationName)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
tag -
code -
associationName -
Since:
DLBExt 1.0

getConceptAssociations

public java.util.Vector<ConceptAssociation> getConceptAssociations(java.lang.String codingScheme,
                                                                   java.lang.String version,
                                                                   java.lang.String tag,
                                                                   java.lang.String code)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
tag -
code -
Since:
DLBExt 1.0

getSupportedRoleNames

public java.util.Vector<java.lang.String> getSupportedRoleNames(java.lang.String codingSchemeName)

getSupportedRoleNames

public java.util.Vector<java.lang.String> getSupportedRoleNames(java.lang.String codingScheme,
                                                                java.lang.String version)

getRoles

public java.util.Vector<Role> getRoles(java.lang.String codingScheme,
                                       java.lang.String version,
                                       java.lang.String tag,
                                       java.lang.String code)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
tag -
code -
Since:
DLBExt 1.0

getInverseRoles

public java.util.Vector getInverseRoles(java.lang.String codingScheme,
                                        java.lang.String code)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
code -
Since:
DLBExt 1.0

getInverseConceptAssociations

public java.util.Vector getInverseConceptAssociations(java.lang.String codingScheme,
                                                      java.lang.String code)

getInverseConceptAssociations

public java.util.Vector<ConceptAssociation> getInverseConceptAssociations(java.lang.String codingScheme,
                                                                          java.lang.String version,
                                                                          java.lang.String tag,
                                                                          java.lang.String code)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
tag -
code -
Since:
DLBExt 1.0

getInverseRoles

public java.util.Vector getInverseRoles(java.lang.String codingScheme,
                                        java.lang.String version,
                                        java.lang.String tag,
                                        java.lang.String code)

getRelationTypesForConcept

public java.util.HashSet<java.lang.String> getRelationTypesForConcept(java.lang.String codingScheme,
                                                                      java.lang.String version,
                                                                      java.lang.String tag,
                                                                      java.lang.String code)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
tag -
code -
Since:
DLBExt 1.0

findCodedEntriesWithDesignationMatching

public java.util.Vector<CodedEntry> findCodedEntriesWithDesignationMatching(java.lang.String codingScheme,
                                                                            java.lang.String version,
                                                                            java.lang.String matchText,
                                                                            boolean preferredOnly,
                                                                            java.util.Vector sortByProperty_vec,
                                                                            java.util.Vector source_vec,
                                                                            java.lang.String matchAlgorithm,
                                                                            int maxToReturn)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
matchText -
preferredOnly -
sortByProperty_vec -
source_vec -
matchAlgorithm -
maxToReturn -
Since:
DLBExt 1.0

findCodedEntriesWithAssociation

public java.util.Vector findCodedEntriesWithAssociation(java.lang.String codingScheme,
                                                        java.lang.String version,
                                                        java.lang.String associationName,
                                                        java.lang.String matchAlgorithm,
                                                        int maxToReturn)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
associationName -
matchAlgorithm -
maxToReturn -
Since:
DLBExt 1.0

findCodedEntriesWithAssociationMatching

public java.util.Vector findCodedEntriesWithAssociationMatching(java.lang.String codingScheme,
                                                                java.lang.String version,
                                                                java.lang.String matchText,
                                                                java.lang.String associationName,
                                                                java.lang.String matchAlgorithm,
                                                                int maxToReturn)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
matchText -
associationName -
matchAlgorithm -
maxToReturn -
Since:
DLBExt 1.0

findCodedEntriesWithAssociationMatching

public java.util.Vector findCodedEntriesWithAssociationMatching(java.lang.String codingScheme,
                                                                java.lang.String version,
                                                                java.lang.String matchText,
                                                                java.lang.String associationName,
                                                                java.lang.String matchAlgorithm,
                                                                int maxToReturn,
                                                                int restriction_direction)

getCNSSize

protected int getCNSSize(CodedNodeSet cns)

getCNGSize

protected int getCNGSize(CodedNodeGraph cng)

findCodedEntriesWithAssociationMatching

public java.util.Vector findCodedEntriesWithAssociationMatching(java.lang.String codingScheme,
                                                                java.lang.String version,
                                                                java.lang.String matchText,
                                                                java.lang.String associationName,
                                                                java.lang.String matchAlgorithm,
                                                                int maxToReturn,
                                                                int restriction_direction,
                                                                java.util.Vector restricted_property_vec)

findCodedEntriesWithAssociationMatching

public java.util.Vector<CodedEntry> findCodedEntriesWithAssociationMatching(java.lang.String codingScheme,
                                                                            java.lang.String version,
                                                                            java.lang.String matchText,
                                                                            java.lang.String associationName,
                                                                            java.lang.String matchAlgorithm,
                                                                            int maxToReturn,
                                                                            int restriction_direction,
                                                                            java.util.Vector restricted_property_vec,
                                                                            java.lang.String relationName)

getTreeFromServer

protected CodedNodeGraph getTreeFromServer(java.lang.String codingScheme,
                                           java.lang.String version,
                                           java.lang.String tag,
                                           java.lang.String code,
                                           java.lang.String relationName,
                                           java.util.Vector properties,
                                           java.util.Vector sourcecodes,
                                           java.util.Vector associations,
                                           boolean direction,
                                           int depth)
Concepts tree data from the server.

Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
tag -
code -
relationName -
properties -
sourcecodes -
associations -
direction -
depth -
Returns:
The root (DefaultMutableTreeNode) of the tree
Since:
DLBExt 1.0

getChildCount

protected int getChildCount(java.util.HashMap HashMap,
                            java.lang.String code)
Parameters:
HashMap -
code -
Since:
DLBExt 1.0

codeToName

public java.lang.String codeToName(java.lang.String codingScheme,
                                   java.lang.String code)
Convert an NCI concept code to a concept name. Note that this could be simplified if everyone agrees that the entityDescription node for the concept code will always be the NC_Name.

Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
code - Code to be converted
Returns:
name or null if code not located
Since:
DLBExt 1.0

codeToName

public java.lang.String codeToName(java.lang.String codingScheme,
                                   java.lang.String version,
                                   java.lang.String code)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
code -
Since:
DLBExt 1.0

codeToName

public java.lang.String codeToName(java.lang.String codingScheme,
                                   java.lang.String version_in,
                                   java.lang.String tag_in,
                                   java.lang.String code)

getCodedEntryByCode

public CodedEntry getCodedEntryByCode(java.lang.String codingScheme,
                                      java.lang.String version,
                                      java.lang.String tag,
                                      java.lang.String code)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
code -
Since:
DLBExt 1.0

getConceptName

public java.lang.String getConceptName(java.lang.String codingScheme,
                                       java.lang.String version,
                                       java.lang.String code)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
code -
Since:
DLBExt 1.0

nameToCode

public java.lang.String nameToCode(java.lang.String codingScheme,
                                   java.lang.String name)
Return the concept code that corresponds to the passed NC_Name

Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
name - NC_name to look up
Returns:
corresponding code or null if problems
Throws:
ParameterException
InternalErrorException
Since:
DLBExt 1.0

nameToCode

public java.lang.String nameToCode(java.lang.String codingScheme,
                                   java.lang.String version_in,
                                   java.lang.String tag_in,
                                   java.lang.String name)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version_in - a coding scheme version
tag_in - a coding scheme tag
name - concept name
Since:
DLBExt 1.0

getCodedEntryByName

public CodedEntry getCodedEntryByName(java.lang.String codingScheme,
                                      java.lang.String version,
                                      java.lang.String tag,
                                      java.lang.String name)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
name -
Since:
DLBExt 1.0

findCodedEntriesWithPropertyMatching

public java.util.Vector<CodedEntry> findCodedEntriesWithPropertyMatching(java.lang.String codingScheme,
                                                                         java.lang.String version,
                                                                         java.lang.String matchText,
                                                                         java.util.Vector property_vec,
                                                                         java.util.Vector restrictToProperties_vec,
                                                                         java.lang.String matchAlgorithm,
                                                                         int maxToReturn)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
matchText -
property_vec -
restrictToProperties_vec -
matchAlgorithm -
maxToReturn -
Since:
DLBExt 1.0

findCodedEntriesWithPropertyMatching

public java.util.Vector<CodedEntry> findCodedEntriesWithPropertyMatching(java.lang.String codingScheme,
                                                                         java.lang.String version,
                                                                         java.lang.String matchText,
                                                                         java.util.Vector property_vec,
                                                                         java.util.Vector restrictToProperties_vec,
                                                                         java.lang.String matchAlgorithm,
                                                                         int maxToReturn,
                                                                         java.lang.String language)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
matchText -
property_vec -
restrictToProperties_vec -
matchAlgorithm -
maxToReturn -
language -
Since:
DLBExt 1.0

findDescription

protected java.lang.String findDescription(java.lang.String codingScheme,
                                           java.lang.String code)
Returns the entity description for a given code, or the code if no description can be located.

Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
code -
Returns:
String
Throws:
LBException
Since:
DLBExt 1.0

findConceptNameByCode

public java.lang.String findConceptNameByCode(java.lang.String codingScheme,
                                              java.lang.String version,
                                              java.lang.String code)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
code -
Since:
DLBExt 1.0

findRelatedCodes

public java.util.Vector<java.lang.String> findRelatedCodes(java.lang.String codingScheme,
                                                           java.lang.String version,
                                                           java.lang.String tag,
                                                           java.lang.String code,
                                                           java.lang.String relation,
                                                           boolean direction)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
code -
relation -
direction -
Since:
DLBExt 1.0

getAllAssociatedConcepts

public java.util.Vector getAllAssociatedConcepts(java.lang.String codingScheme,
                                                 java.lang.String version,
                                                 java.lang.String code,
                                                 boolean direction)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
code -
direction -
Since:
DLBExt 1.0

getConceptName

public java.lang.String getConceptName(java.lang.String codingScheme,
                                       CodedEntry ce)
Parameters:
codingScheme -
ce -
Since:
DLBExt 1.0

getCodedEntry

public CodedEntry getCodedEntry(java.lang.String codingScheme,
                                java.lang.String version,
                                java.lang.String tag,
                                java.lang.String code)

atributeSetDescriptorIndex2LocalNameList

protected LocalNameList atributeSetDescriptorIndex2LocalNameList(int ASD_Index)

getCodedEntry

public CodedEntry getCodedEntry(java.lang.String codingScheme,
                                java.lang.String version,
                                java.lang.String tag,
                                java.lang.String code,
                                int ASD_Index)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
tag -
code -
ASD_Index -
Since:
DLBExt 1.0

getRootCodedEntries

public java.util.Vector getRootCodedEntries(java.lang.String codingScheme,
                                            java.lang.String version,
                                            java.lang.String tag)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
Since:
DLBExt 1.0

getReferencedEntry

protected CodedEntry getReferencedEntry(java.lang.String codingScheme,
                                        java.lang.String version,
                                        java.lang.String tag,
                                        ResolvedConceptReference rcr)

getRootCodedEntries

public java.util.Vector<CodedEntry> getRootCodedEntries(java.lang.String codingScheme,
                                                        java.lang.String version,
                                                        java.lang.String tag,
                                                        java.lang.String relation,
                                                        java.lang.String association)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
relation -
association -
Since:
DLBExt 1.0

getAssociatedCodedEntries

public java.util.Vector<CodedEntry> getAssociatedCodedEntries(java.lang.String codingScheme,
                                                              java.lang.String version,
                                                              java.lang.String tag,
                                                              java.lang.String code,
                                                              java.util.Vector properties,
                                                              boolean direction,
                                                              java.lang.String associationName,
                                                              int resolveAssociationDepth,
                                                              int resolveCodedEntryDepth)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
tag -
code -
properties -
direction -
associationName -
resolveAssociationDepth -
resolveCodedEntryDepth -
Since:
DLBExt 1.0

getAssociatedCodedEntriesBySource

public java.util.Vector<CodedEntry> getAssociatedCodedEntriesBySource(java.lang.String codingScheme,
                                                                      java.lang.String version,
                                                                      java.lang.String tag,
                                                                      java.lang.String code,
                                                                      java.util.Vector properties,
                                                                      boolean direction,
                                                                      java.lang.String associationName,
                                                                      int resolveAssociationDepth,
                                                                      int resolveCodedEntryDepth,
                                                                      java.lang.String sourceAbbr)

hasAssociatedCodedEntries

public java.lang.Boolean hasAssociatedCodedEntries(java.lang.String codingScheme,
                                                   java.lang.String relationship,
                                                   java.lang.String association,
                                                   java.lang.String conceptCode,
                                                   boolean direction)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
relationship -
association -
conceptCode -
direction -
Since:
DLBExt 1.0

getConceptAssociations

public java.util.Vector<ConceptAssociation> getConceptAssociations(java.lang.String codingScheme,
                                                                   java.lang.String version,
                                                                   java.lang.String tag,
                                                                   java.lang.String conceptCode,
                                                                   boolean direction)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
conceptCode -
direction -
Since:
DLBExt 1.0

getConceptAssociations

public java.util.Vector<ConceptAssociation> getConceptAssociations(java.lang.String codingScheme,
                                                                   java.lang.String version,
                                                                   java.lang.String tag,
                                                                   java.lang.String conceptCode,
                                                                   boolean direction,
                                                                   java.lang.String relation)

getConceptAssociations

public java.util.Vector<ConceptAssociation> getConceptAssociations(java.lang.String codingScheme,
                                                                   java.lang.String version,
                                                                   java.lang.String tag,
                                                                   java.lang.String conceptCode,
                                                                   boolean direction,
                                                                   boolean returncode)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
conceptCode -
direction -
returncode -
Since:
DLBExt 1.0

getAssociatedCodedEntries

public java.util.Vector<CodedEntry> getAssociatedCodedEntries(java.lang.String codingScheme,
                                                              java.lang.String relationship,
                                                              java.lang.String association,
                                                              java.lang.String conceptCode,
                                                              boolean direction,
                                                              boolean buildReferencedEntries)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
relationship -
association -
conceptCode -
direction -
buildReferencedEntries -
Since:
DLBExt 1.0

codeExists

public java.lang.Boolean codeExists(java.lang.String codingScheme,
                                    java.lang.String code)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
code -
Since:
DLBExt 1.0

isValidHistoryDate

public boolean isValidHistoryDate(java.lang.String codingScheme,
                                  java.util.Date historydate)

getHistoryBaselineDates

public java.util.Vector<java.util.Date> getHistoryBaselineDates(java.lang.String codingScheme)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
Since:
DLBExt 1.0

getConceptCreationDate

public java.util.Date getConceptCreationDate(java.lang.String codingScheme,
                                             java.lang.String code)

getConceptHistory

public java.util.Vector<NCIChangeEvent> getConceptHistory(java.lang.String codingScheme,
                                                          java.lang.String code)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
code -
Since:
DLBExt 1.0

getConceptHistory

public java.util.Vector<NCIChangeEvent> getConceptHistory(java.lang.String codingScheme,
                                                          java.lang.String code,
                                                          java.util.Date beginDate,
                                                          java.util.Date endDate)

getConceptHistory

public java.util.Vector<NCIChangeEvent> getConceptHistory(java.lang.String codingScheme,
                                                          java.lang.String code,
                                                          CodingSchemeVersion csv)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
code -
csv -
Since:
DLBExt 1.0

getConceptChangeVersions

public java.util.Vector<CodingSchemeVersion> getConceptChangeVersions(java.lang.String codingScheme,
                                                                      java.lang.String code)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
code -
Since:
DLBExt 1.0

getConceptCreateVersion

public CodingSchemeVersion getConceptCreateVersion(java.lang.String codingScheme,
                                                   java.lang.String code)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
code -
Since:
DLBExt 1.0

getHistoryStartBaselineDate

public java.util.Date getHistoryStartBaselineDate(java.lang.String codingScheme)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
Since:
DLBExt 1.0

getHistoryEndBaselineDate

public java.util.Date getHistoryEndBaselineDate(java.lang.String codingScheme)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
Since:
DLBExt 1.0

getConceptEditActionDates

public java.util.Vector<java.util.Date> getConceptEditActionDates(java.lang.String codingScheme,
                                                                  java.lang.String code,
                                                                  int iAction)

iActiontoStr

protected java.lang.String iActiontoStr(int actionId)
Extracts an edit action string (for example, 'CREATE') from a edit action constance string (form example, 'EDIT_ACTION_CREATE_STR') corresponding to the specified edit action code.

Parameters:
actionId -
Returns:
an edit action string (for example, 'CREATE')
Since:
dlbExt 1.0

toActionIndex

public int toActionIndex(java.lang.String action)

dateToString

protected java.lang.String dateToString(java.util.Date aDate)

getConceptEditAction

public java.util.Vector<EditActionDate> getConceptEditAction(java.lang.String codingScheme,
                                                             java.lang.String code)

isConceptEdited

public java.lang.Boolean isConceptEdited(java.lang.String codingScheme,
                                         java.lang.String code,
                                         boolean mrg_splt,
                                         java.util.Date beginDate,
                                         java.util.Date endDate)

getNumberEditActions

public java.lang.Integer getNumberEditActions(java.lang.String codingScheme,
                                              java.lang.String code,
                                              java.util.Date baselineDate_in)

getNumberEditActions

public java.lang.Integer getNumberEditActions(java.lang.String codingScheme,
                                              java.lang.String code,
                                              java.util.Date beginDate,
                                              java.util.Date endDate)

getAncestorCodeActionDates

public java.util.Vector<java.lang.String> getAncestorCodeActionDates(java.lang.String codingScheme,
                                                                     java.lang.String inCode,
                                                                     java.util.Date iBaselineDate_in,
                                                                     java.util.Date fBaselineDate_in)

getCodeActionParents

public java.util.Vector getCodeActionParents(java.lang.String codingScheme,
                                             java.lang.String inCode,
                                             java.util.Date baselineDate_in)

getAncestorCodes

public java.util.Vector getAncestorCodes(java.lang.String codingScheme,
                                         java.lang.String inCode,
                                         boolean atBaseline,
                                         java.util.Date iBaselineDate_in,
                                         java.util.Date fBaselineDate_in)

getAncestorCodes

public java.util.Vector<java.lang.String> getAncestorCodes(java.lang.String codingScheme,
                                                           java.lang.String inCode,
                                                           boolean atBaseline,
                                                           java.util.Date iBaselineDate_in,
                                                           java.util.Date fBaselineDate_in,
                                                           boolean split_merge_only)

getDescendantCodeActionDates

public java.util.Vector<java.lang.String> getDescendantCodeActionDates(java.lang.String codingScheme,
                                                                       java.lang.String inCode,
                                                                       java.util.Date iBaselineDate_in,
                                                                       java.util.Date fBaselineDate_in)

getCodeActionChildren

public java.util.Vector getCodeActionChildren(java.lang.String codingScheme,
                                              java.lang.String inCode,
                                              java.util.Date baselineDate_in)

getDescendantCodes

public java.util.Vector getDescendantCodes(java.lang.String codingScheme,
                                           java.lang.String inCode,
                                           boolean atBaseline,
                                           java.util.Date iBaselineDate_in,
                                           java.util.Date fBaselineDate_in)

getDescendantCodes

public java.util.Vector<java.lang.String> getDescendantCodes(java.lang.String codingScheme,
                                                             java.lang.String inCode,
                                                             boolean atBaseline,
                                                             java.util.Date iBaselineDate_in,
                                                             java.util.Date fBaselineDate_in,
                                                             boolean merge_split_only)

getAncestors

public java.util.Vector<java.lang.String> getAncestors(java.lang.String codingScheme,
                                                       java.lang.String inCode)

getDescendants

public java.util.Vector<java.lang.String> getDescendants(java.lang.String codingScheme,
                                                         java.lang.String inCode)

getSupportedPropertyQualifier

public java.util.Vector<java.lang.String> getSupportedPropertyQualifier(java.lang.String codingScheme)

getSupportedAssociationQualifier

public java.util.Vector<java.lang.String> getSupportedAssociationQualifier(java.lang.String codingScheme)

getSupportedContextCount

public int getSupportedContextCount(java.lang.String codingScheme,
                                    java.lang.String version,
                                    java.lang.String tag)

getSupportedContextCount

public int getSupportedContextCount(CodingScheme cs)

getSupportedContext

public java.util.Vector getSupportedContext(java.lang.String codingScheme,
                                            java.lang.String version,
                                            java.lang.String tag)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
tag -
Since:
DLBExt 1.0

getSupportedContext

public java.util.Vector<SupportedContext> getSupportedContext(CodingScheme cs)

getSupportedContextNames

public java.util.Vector getSupportedContextNames(CodingScheme cs)

getSupportedSource

public java.util.Vector getSupportedSource(java.lang.String codingScheme,
                                           java.lang.String version,
                                           java.lang.String tag)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
version - a coding scheme version
tag -
Since:
DLBExt 1.0

getSupportedSource

public java.util.Vector<SupportedSource> getSupportedSource(CodingScheme cs)

getSupportedSourceNames

public java.util.Vector getSupportedSourceNames(java.lang.String codingScheme,
                                                java.lang.String version,
                                                java.lang.String tag)
Parameters:
codingScheme -
version -
tag -
Since:
DLBExt 1.0

getSupportedSourceNames

public java.util.Vector<java.lang.String> getSupportedSourceNames(CodingScheme cs)

findCodedEntriesWithSourceCodeMatching

public java.util.Vector<CodedEntry> findCodedEntriesWithSourceCodeMatching(java.lang.String codingScheme,
                                                                           java.lang.String sourceAbbr,
                                                                           java.lang.String code,
                                                                           int maxToReturn)

findCodedEntriesWithSourceCodeMatching

public java.util.Vector<CodedEntry> findCodedEntriesWithSourceCodeMatching(java.lang.String codingScheme,
                                                                           java.lang.String version,
                                                                           java.lang.String tag,
                                                                           java.lang.String sourceAbbr,
                                                                           java.lang.String code,
                                                                           int maxToReturn)

createProductionTag

public static CodingSchemeVersionOrTag createProductionTag()

createSortOption

public static SortOption createSortOption(java.lang.String sortExtensionName,
                                          java.lang.Boolean ascending)

createSortOptionList

public static SortOptionList createSortOptionList(java.lang.String[] sortExtensionNames,
                                                  java.lang.Boolean[] ascending)
                                           throws LBParameterException
Throws:
LBParameterException

createSortOptionList

public static SortOptionList createSortOptionList(java.lang.String[] sortExtensionNames)

getSemanticTypeCode

public java.lang.String getSemanticTypeCode(java.lang.String name)

getSemanticTypeCodes

public java.util.Vector<java.lang.String> getSemanticTypeCodes(java.util.Vector names)

initializeSemanticTypes

public boolean initializeSemanticTypes()

getSemanticTypes

public java.util.HashMap getSemanticTypes()

getChangeTypeNumber

public int getChangeTypeNumber(java.lang.String s)

hasProperty

protected boolean hasProperty(java.lang.String codingScheme,
                              java.lang.String property)

createCodeNodeSet

protected CodedNodeSet createCodeNodeSet(java.lang.String[] conceptCodes,
                                         java.lang.String codingScheme,
                                         java.lang.String version,
                                         java.lang.String tag)

getChildrenOf

protected Association[] getChildrenOf(java.lang.String conceptCode,
                                      java.lang.String relationship,
                                      java.lang.String codingScheme,
                                      java.lang.String version,
                                      java.lang.String tag,
                                      boolean buildReferencedEntries)

getParentsOf

protected Association[] getParentsOf(java.lang.String conceptCode,
                                     java.lang.String relationship,
                                     java.lang.String codingScheme,
                                     java.lang.String version,
                                     java.lang.String tag,
                                     boolean buildReferencedEntries)

getConceptAssociations

public java.util.Vector<ConceptAssociation> getConceptAssociations(java.lang.String codingScheme,
                                                                   java.lang.String version,
                                                                   java.lang.String tag,
                                                                   java.lang.String conceptCode,
                                                                   boolean direction,
                                                                   boolean returncode,
                                                                   boolean forTreeTraversal)

getConceptAssociations

public java.util.Vector<ConceptAssociation> getConceptAssociations(java.lang.String codingScheme,
                                                                   java.lang.String version,
                                                                   java.lang.String tag,
                                                                   java.lang.String conceptCode,
                                                                   boolean direction,
                                                                   boolean returncode,
                                                                   boolean forTreeTraversal,
                                                                   java.lang.String relation)

getSupportedAssociations

public java.util.Vector<SupportedAssociation> getSupportedAssociations()
Since:
DLBExt 1.0

getSupportedAssociations

public java.util.Vector<SupportedAssociation> getSupportedAssociations(CodingScheme cs)
Parameters:
cs -
Since:
DLBExt 1.0

getSupportedAssociationNames

public java.util.Vector<java.lang.String> getSupportedAssociationNames(java.lang.String codingScheme)
Parameters:
codingScheme - a coding scheme name
Since:
DLBExt 1.0

getTargetNames

protected java.util.Set<java.lang.String> getTargetNames(ResolvedConceptReferenceList rcrl)

getSupportedAssociationNames

public java.util.Vector<java.lang.String> getSupportedAssociationNames(java.lang.String codingSchemeName,
                                                                       java.lang.String version,
                                                                       java.lang.String type)

getSupportedPropertyQualifiers

public java.util.Vector getSupportedPropertyQualifiers(java.lang.String codingScheme)

convertProperties

public java.util.Vector<Property> convertProperties(org.LexGrid.commonTypes.Property[] properties)

getProperties

public java.util.Vector<Property> getProperties(CodedEntry ce)

getPropertiesByCode

public java.util.Vector getPropertiesByCode(java.lang.String codingSchemeName,
                                            java.lang.String versionName,
                                            java.lang.String code)

getPropertiesByConceptName

public java.util.Vector<Property> getPropertiesByConceptName(java.lang.String codingSchemeName,
                                                             java.lang.String versionName,
                                                             java.lang.String tagName,
                                                             java.lang.String conceptname)

getPropertyNames

public java.util.Vector<java.lang.String> getPropertyNames(CodedEntry ce)

getPropertyNames

public java.util.Vector<java.lang.String> getPropertyNames(java.lang.String codingScheme,
                                                           java.lang.String version,
                                                           java.lang.String tag,
                                                           java.lang.String conceptname)

getPropertyValues

public java.util.Vector<java.lang.String> getPropertyValues(java.lang.String codingScheme,
                                                            java.lang.String version,
                                                            java.lang.String tag,
                                                            java.lang.String conceptname,
                                                            java.lang.String propertyname)

getPropertyValues

public java.util.Vector<java.lang.String> getPropertyValues(CodedEntry ce,
                                                            java.lang.String propertyname)

getPropertySources

public java.util.Vector<java.lang.String> getPropertySources(org.LexGrid.commonTypes.Property prop)
Gets property sources.

Parameters:
prop - property name
Returns:
a Vector containing property sources
Since:
DLBExt 1.0

array2Vector

public java.util.Vector<java.lang.String> array2Vector(java.lang.String[] a)

getFilterExtensions

public java.util.Vector<java.lang.String> getFilterExtensions()

getConceptProperties

public java.util.Vector<Property> getConceptProperties(java.lang.String codingScheme,
                                                       java.lang.String code,
                                                       java.lang.String propertytype,
                                                       java.lang.String propertyname)

getHasSubtype

public java.lang.String getHasSubtype(java.lang.String codingSchemeName)

searchCodedEntries

public java.util.Vector<CodedEntry> searchCodedEntries(java.lang.String scheme,
                                                       java.lang.String version,
                                                       java.lang.String tag,
                                                       java.lang.String searchTerm,
                                                       int limit,
                                                       java.lang.String source,
                                                       boolean cui,
                                                       boolean shortResult,
                                                       boolean score)

restrictToSource

protected CodedNodeSet restrictToSource(CodedNodeSet cns,
                                        java.lang.String source)

getPreferredName

public java.lang.String getPreferredName(CodedEntry ce)

getName

public java.lang.String getName(java.lang.String codingSchemeName,
                                java.lang.String version,
                                java.lang.String tag,
                                java.lang.String code)

getName

public java.lang.String getName(CodedEntry ce)

createConceptReferenceList

public static ConceptReferenceList createConceptReferenceList(java.lang.String[] codes,
                                                              java.lang.String codeSystem)

getCodedEntrySources

protected java.util.Vector<java.lang.String> getCodedEntrySources(CodedEntry ce)

getSourceCollectionbyCode

public java.util.Vector<java.lang.String> getSourceCollectionbyCode(java.lang.String vocabularyName,
                                                                    java.lang.String code)

isForwardName

public java.lang.Boolean isForwardName(java.lang.String codingScheme,
                                       java.lang.String version,
                                       java.lang.String directionalName)

isReverseName

public java.lang.Boolean isReverseName(java.lang.String codingScheme,
                                       java.lang.String version,
                                       java.lang.String directionalName)

getCodingSchemeSummary

public CodingSchemeSummary getCodingSchemeSummary(java.lang.String codingSchemeName,
                                                  java.lang.String version)

getCodingSchemeSummary

public CodingSchemeSummary getCodingSchemeSummary(java.lang.String codingSchemeName)

getRepresentsVersion

public java.lang.String getRepresentsVersion(java.lang.String codingSchemeName)

getSources

protected java.util.Vector<AssociatedConcept> getSources(java.lang.String scheme,
                                                         java.lang.String version,
                                                         java.lang.String tag,
                                                         java.lang.String code,
                                                         java.lang.String relation,
                                                         java.lang.String source)

getTargets

protected java.util.Vector<AssociatedConcept> getTargets(java.lang.String scheme,
                                                         java.lang.String version,
                                                         java.lang.String tag,
                                                         java.lang.String code,
                                                         java.lang.String relation,
                                                         java.lang.String source)

isCodingSchemeActive

public java.lang.Boolean isCodingSchemeActive(LexBIGService lbSvc,
                                              java.lang.String scheme,
                                              java.lang.String version)


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